Να σημειωθεί ότι η Εκκλησία της Κρήτης δεν είχε συμπεριληφθεί αρχικά στις ευεργετικές ρυθμίσεις που αφορούσαν την Εκκλησία της Ελλάδος, ύστερα όμως από τις συντονισμένες αντιδράσεις και δράσεις του Αρχιεπίσκοπου Κρήτης κ.κ. Ειρηναίου, του Υφυπουργού Εργασίας Βασίλη Κεγκέρογλου και Βουλευτών του νησιού, οι ρυθμίσεις συμπεριελήφθησαν στο νομοσχέδιο που ολοκλήρωσε το Υπουργείο Παιδείας και έχει τεθεί υπ' όψιν των κομμάτων για να δοθεί η συμφωνία τους ώστε να προχωρήσει η διαδικασία νομοθέτησης.

Αναλυτικά τα άρθρα που αφορούν την Εκκλησία της Κρήτης και έχουν συμπεριληφθεί στο νομοσχέδιο «Οργάνωση της νομικής μορφής των θρησκευτικών κοινοτήτων και των ενώσεων τους στην Ελλάδα και άλλες διατάξεις»

Άρθρο 19
Ρυθμίσεις για την Εκκλησία της Κρήτης

1.- Προστίθεται ενδέκατη παράγραφος στο άρθρο 10 του Ν. 4149/1961 (Α’ 41), η οποία έχει ως εξής:
«11. α) Η Ιερά Επαρχιακή Σύνοδος της Εκκλησίας της Κρήτης δύναται, κατόπιν σχετικής προτάσεως του Αρχιεπισκόπου ή του επιχωρίου Μητροπολίτη, να συστήνει με αποφάσεις της εκκλησιαστικά Ιδρύματα για την προαγωγή μη κερδοσκοπικών φιλανθρωπικών, μορφωτικών, κοινωνικών και πολιτιστικών σκοπών, τα οποία  αποτελούν νομικά πρόσωπα ιδιωτικού δικαίου και αποκτούν νομική προσωπικότητα από της δημοσιεύσεως της απόφασης στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Με την απόφαση αυτή εγκρίνεται ο Κανονισμός του Εκκλησιαστικού Ιδρύματος, ο οποίος περιέχει τους εν γένει κανόνες λειτουργίας και διαχείρισής του, με τους οποίους καθορίζεται οπωσδήποτε η επωνυμία, η έδρα, ο σκοπός του και το εκκλησιαστικό νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου που το εκκλησιαστικό ίδρυμα επικουρεί, η διοίκησή του, οι πόροι, οι κανόνες διαχείρισης της περιουσίας του καθώς και οι όροι διάλυσής του. Σε περίπτωση διάλυσης του εκκλησιαστικού Ιδρύματος, η περιουσία του περιέρχεται αυτοδικαίως στο εκκλησιαστικό νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου, τους σκοπούς του οποίου επικουρεί. Εκκλησιαστικό Ίδρυμα που συστήθηκε για τη θεραπεία ορισμένου σκοπού και διαχειρίζεται περιουσία, η οποία διατέθηκε εν ζωή ή αιτία θανάτου σε νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου της Εκκλησίας της Κρήτης, ειδικά γι’ αυτόν τον σκοπό, δεν μεταβάλλει το σκοπό του, ει μη μόνον υπό τους όρους του άρθρου 109 του Συντάγματος και της κειμένης νομοθεσίας για τα κοινωφελή ιδρύματα, αναλόγως εφαρμοζόμενης στην περίπτωση αυτή στα εκκλησιαστικά ιδρύματα. Οι διατάξεις της παρούσας παραγράφου εφαρμόζονται αναλόγως στα εκκλησιαστικά μουσεία και στα Ιερά Προσκυνήματα της Εκκλησίας Κρήτης».

2. Η ισχύς της προηγούμενης ρύθμισης για τα προϋφιστάμενα του παρόντος εκκλησιαστικά Ιδρύματα ανατρέχει στο χρόνο δημοσίευσης κάθε Κανονισμού στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως, από τον οποίο χρόνο θεωρείται ότι αυτά έχουν αποκτήσει νομική προσωπικότητα. Κανονισμοί εκκλησιαστικών Ιδρυμάτων, που δεν πληρούν τους παραπάνω όρους οφείλουν να προσαρμοσθούν με αποφάσεις της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου της Εκκλησίας Κρήτης, κατά τα ανωτέρω, εντός αποκλειστικής προθεσμίας ενός έτους, διαφορετικά συνεχίζουν να λειτουργούν ως αποκεντρωμένη υπηρεσία του εκκλησιαστικού νομικού προσώπου δημοσίου δικαίου που επικουρούν. Οι διατάξεις της παρούσας παραγράφου εφαρμόζονται αναλόγως και στα εκκλησιαστικά μουσεία και τα Ιερά Προσκυνήματα της Εκκλησίας Κρήτης.

3.- Στην πρώτη παράγραφο του άρθρου 131 του Ν. 4149/1961 (Α’41) προστίθεται νέο εδάφιο που έχει ως ακολούθως:
«Οι διατάξεις των άρθρων 4 και 23 του Α.Ν. 1539/1938 «Περί προστασίας των Δημοσίων Κτημάτων», όπως αυτός μεταγενέστερα τροποποιήθηκε και συμπληρώθηκε, έχουν ανάλογη εφαρμογή και επί των κτημάτων, που ανήκουν στα Νομικά Πρόσωπα Δημοσίου Δικαίου της Εκκλησίας Κρήτης».

4.- Προστίθενται έκτη, έβδομη, όγδοη και ένατη παράγραφοι στο άρθρο 131 του Ν. 4149/1961 (Α’ 41), οι οποίες έχουν ως εξής:
«6. Ο τρόπος διοικήσεως, ελέγχου, διαφυλάξεως και καταγραφής, λογιστικής διαχειρίσεως αναθέσεως, εκπονήσεως και διενέργειας έργων, μελετών, προμηθειών και υπηρεσιών, εκποιήσεως και εκμισθώσεως και γενικά κάθε ζήτημα της διαχειρίσεως και αξιοποιήσεως της περιουσίας των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου της Εκκλησίας της Κρήτης, καθορίζεται, κατόπιν εισηγήσεως του  επιχώριου Μητροπολίτου ή του αρμοδίου οργάνου της Εκκλησίας Κρήτης (προκειμένου για την περιουσία που διοικεί και διαχειρίζεται) με Κανονισμούς της Ιεράς Επαρχιακής Συνόδου της Εκκλησίας Κρήτης, βάσει των Ιερών Κανόνων, δημοσιευόμενων στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως. Κανονισμοί, που αφορούν τη διοίκηση, διαχείριση, έλεγχο, διαφύλαξη, καταγραφή και αξιοποίηση του συνόλου της εκκλησιαστικής περιουσίας ψηφίζονται από την Ιερά Επαρχιακή Σύνοδο της Εκκλησίας Κρήτης και κατόπιν εγκρίσεώς τους από την Αγία και Ιερά Σύνοδο του Οικουμενικού Πατριαρχείου, δημοσιεύονται στην Εφημερίδα της Κυβερνήσεως και στο επίσημο Δελτίο της Εκκλησίας Κρήτης «Απόστολος Τίτος».

7. Τα νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου της Εκκλησίας της Κρήτης δύνανται να συνιστούν εταιρείες κάθε νομικής μορφής, μονοπρόσωπες ή μη, με αποκλειστικό σκοπό την υποστήριξη του θρησκευτικού, μορφωτικού, πολιτιστικού και φιλανθρωπικού τους έργου. Στις εταιρείες αυτές δεν επιτρέπεται η με οποιονδήποτε τρόπο συμμετοχή φυσικού προσώπου ή νομικού προσώπου πού επιδιώκει κερδοσκοπικό σκοπό.

8.α) Επιτρέπεται προς εκπλήρωση των σκοπών των Νομικών Προσώπων Δημοσίου Δικαίου της Εκκλησίας της Κρήτης και των υπαγομένων σε αυτά Νομικών Προσώπων Ιδιωτικού Δικαίου, η δωρεάν παραχώρηση εμπραγμάτων δικαιωμάτων ή κατοχής επί εκκλησιαστικών, δημοσίων ή ακινήτων Ν.Π.Δ.Δ. ή Ο.Τ.Α.. Οι μεταβιβάσεις αυτές, όπως και οι άνευ ανταλλάγματος μεταβιβάσεις ακινήτων του Δημοσίου, Ν.Π.Δ.Δ. ή Ο.Τ.Α. ή ιδιωτών, επί των οποίων λειτουργεί ή με σκοπό να ανεγερθεί Ιερός Ναός ή Επισκοπείο ή Ιερά Μονή, προς το οικείο εκκλησιαστικό νομικό πρόσωπο ή μεταξύ εκκλησιαστικών νομικών προσώπων του παρόντος νόμου προκειμένου να εξυπηρετηθεί η λειτουργία τους απαλλάσσονται των τελών μεταγραφής.
β) Στην περίπτωση της οποτεδήποτε σύστασης νέων Ενοριών εκκλησιαστικά ακίνητα, που υπάγονται πλέον στην εδαφική περιφέρεια των νέων Ενοριών, περιέρχονται κατά κυριότητα σε αυτές από την σύστασή τους ως οιονεί καθολικούς διαδόχους, χωρίς άλλη πράξη ή συμβόλαιο ή αντάλλαγμα. Η Ενορία υποχρεούται σε απογραφή των ακινήτων, που περιέρχονται σε αυτή και η έκθεση απογραφής που περιγράφει τα ακίνητα, καθώς και τα λοιπά εμπράγματα δικαιώματα επί των ακινήτων, εγκρίνεται από το Μητροπολιτικό Συμβούλιο, περιβάλλεται τον συμβολαιογραφικό τύπο και μαζί με την περίληψη, που προβλέπεται από τις διατάξεις του άρθρου 9 του Β.Δ. 533/1963 (Α΄147), καταχωρίζεται στα οικεία βιβλία μεταγραφών του αρμοδίου υποθηκοφυλακείου και αναλόγως πραγματοποιούνται και οι απαιτούμενες κτηματολογικές εγγραφές. Οι ανωτέρω εκθέσεις απογραφής δεν αποτελούν μεταβιβαστικές εμπραγμάτων δικαιωμάτων πράξεις, συντάσσονται και καταχωρίζονται χωρίς φόρους, εισφορές, αμοιβές, δικαιώματα και τέλη. Τα ανωτέρω ισχύουν στην περίπτωση διαλύσεως, συγχωνεύσεως ή ανασυστάσεως Ιερών Μονών ή συστάσεως μετοχίου από διαλελυμένες ή ερημωθείσες Ιερές Μονές ή προσαρτήσεις Ιερών Ναών σε νομικά πρόσωπα δημοσίου δικαίου της Εκκλησίας Κρήτης ή μετατροπής Ιερού Ναού σε Ιερά Μονή, οπότε και συντάσσεται από τον επιχώριο Μητροπολίτη έκθεση απογραφής της ακίνητης περιουσίας και μεταγράφεται κατά τα ανωτέρω.
γ) Όσον αφορά την εφαρμογή της παρούσας παραγράφου, δεν θίγονται οι ρυθμίσεις του Κώδικα Διατάξεων Φορολογίας Κληρονομιών, Δωρεών, Γονικών Παροχών, Προικών και Κερδών από Λαχεία (ν.2961/2001, ΦΕΚ Α΄266) και του Κώδικα Φ.Π.Α (ν.1859/2000, ΦΕΚ Α΄248), όπως εκάστοτε ισχύουν.
9. Επιτρέπεται η σύσταση δικαιώματος επιφάνειας στα ακίνητα των νομικών προσώπων δημοσίου δικαίου της Εκκλησίας Κρήτης, κατ’ ανάλογη εφαρμογή των διατάξεων των άρθρων 18-26 του ν. 3986/2011 (Α΄ 152).».
 
Άρθρο 20

Μετονομασία Ανωτάτης Εκκλησιαστικής Ακαδημίας Κρήτης

1.- Η παράγραφος 1 του άρθρου 3 του Ν.3432/2006 αναδιατυπώνεται ως εξής: «1. Οι Ανώτερες Εκκλησιαστικές Σχολές Αθηνών, Θεσσαλονίκης και Βελλάς Ιωαννίνων μετονομάζονται σε Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες (Α.Ε.Α). Η Ανώτερη Εκκλησιαστική Σχολή Ηρακλείου Κρήτης μετονομάζεται σε Πατριαρχική Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία Κρήτης. Οι Ανώτατες Εκκλησιαστικές Ακαδημίες καταρτίζουν στελέχη της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Ελλάδα, παρέχουν εκπαίδευση και χορηγούν πτυχία ισότιμα με εκείνα των ιδρυμάτων της Ανώτατης Εκπαίδευσης. Η λειτουργία των Ανωτάτων Εκκλησιαστικών Ακαδημιών αρχίζει από το ακαδημαϊκό έτος 2007-2008».

2.- Το Γενικό Εκκλησιαστικό Λύκειο – Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο Χανίων μετονομάζεται σε «Πατριαρχική Εκκλησιαστική Σχολή Κρήτης - Γενικό Εκκλησιαστικό Λύκειο και Εκκλησιαστικό Γυμνάσιο Χανίων.